谷歌最近在《自然》杂志的一篇评论文章中悄悄宣布了一款名为 AlphaFold 4 的新人工智能，但这一次它决定不公开代码。 AlphaFold预测蛋白质结构，几十年来帮助人类解决生物学问题，并获得了诺贝尔奖。世界各地有数百万人使用它进行研究。我们都知道AlphaFold是由被谷歌收购的DeepMind开发的。事实上，谷歌在英国伦敦经营着一家名为 Isomorphic Labs 的公司，专门研究如何利用人工智能设计新药。我们这次创造的“AlphaFold 4”是一个名为IsoDDE的新AI。不同之处在于，AlphaFold 的代码是公开的，任何人都可以下载，而 IsoDDE 是保密的，只有 Google 可以使用。 （来源：Isomorphic Labs）这个谷歌旗下的人工智能有什么好处？它从 AlphaFold 3 开始，它已经可以预测蛋白质和小分子的作用。这对于寻找新药非常重要。药物要有效，就如同放了一个钥匙y 在钥匙孔中。它只是卡在蛋白质的某个地方。然而，仅仅知道位置还不够。您还需要知道钥匙插入的牢固程度。如果太松，则效果不佳；如果太紧，则可能会出现副作用。此前，测试气密性需要采用物理方法进行耗时的计算，一次可能需要数天甚至数周的时间，成本高昂且劳动强度大。 2025 年，一种名为 Boltz-2 的开源模型进入了该领域，它使用人工智能比物理方法更快地预测粘合强度。 IsoDDE 比 Boltz-2 更精确，其精度甚至超过了速度较慢的物理方法。 IsoDDE 还特别擅长处理与训练数据完全不同的分子。美国哥伦比亚大学计算生物学家Mohamed A Lukraishi公开表示，这意味着IsoDDE已经解决了最困难的问题，而且其背后的开发者一定使用了非常n呃把戏。 IsoDDE 还可以预测抗体如何与抗原结合。我们都应该熟悉抗体。在 COVID-19 爆发期间，每个人都每天接受抗体检测。抗体药物现在是制药行业的摇钱树，年销售额达到数百亿英镑。然而，设计抗体极其困难。 CDR-H3环的结构不仅可变而且难以预测。从这个意义上来说，IsoDDE 的精度实际上是 AlphaFold 3 的 2.3 倍，几乎是 Boltz-2 的 20 倍。 （Wasnte：Isomorphic Labs）IsoDDE 还具有寻找口袋的能力。蛋白质的表面有几个口袋，其中一些口袋隐藏得很深，通常不可见，只有当接近特定分子时才会暴露。 IsoDDE 可以直接从蛋白质的氨基酸序列中找到这些隐藏的口袋。据了解，这项实验背后的研究人员使用了一种名为cereblon的蛋白质测试。该蛋白质有一个人类已经使用了几十年的经典口袋，以及一个直到 2026 年才被发现的隐藏口袋。IsoDDE 仅使用序列信息即可找到这两个口袋。如今，Isomorphic Labs 已将其用于各种涉及以前困难目标的新药物项目。所谓困难，就是蛋白质表面光滑，一开始就很难找到口袋，或者口袋太深，药物无法渗透。 IsoDDE 帮助人们找到突破。那么为什么如此强大的东西不开源呢？ Isomorphic Labs 的选择其实也不难理解。制药是一项价值数十亿美元的业务。第一个发现新药的人可以赚很多钱。保留核心技术用于商业用途是有意义的。但科学进步取决于醋的分享和验证。将你最强大的武器锁在柜子里可以防止其他人验证或宣传超过它，这会减慢整个场的速度。两年前AlphaFold 3发布时，只提供了文档，没有提供代码。被骂后我第一次打开。这次IsoDDE甚至没有发表文章，只是发表了一份技术报告。但无论如何，通过 IsoDDE，人们将能够看到人工智能设计药物的新水平。一旦解决了蛋白质折叠的问题，接下来的问题就是如何设计分子来治疗疾病。很明显，支持 Isomorphic Labs 的谷歌并不想仅仅成为一个出版商。他们还希望民营生产食用药品，开拓新的业务增长点。 （来源：Isomorphic Labs） 事实上，IsoDDE 被称为“AlphaFold 4”，不仅仅是因为它具有与 AlphaFold 相同的功能风格。 Isomorphic Labs 背后的公司由 AlphaFold 和 DeepMind 的创始人、诺贝尔奖获得者 Demis Hassabis 直接领导，并亲自担任创始人兼首席执行官。 （来源：同构实验室）该公司的科学顾问委员会也有很多“承诺”。因开发 CRISPR/Cas9 基因编辑技术而获得诺贝尔奖的 Jennifer A. Doudna 和 David W.C.因开发不对称有机催化剂而获得诺贝尔奖的麦克米伦两人都担任这里的科学顾问。 （来源：Isomorphic Labs）因此，该公司是全球科学研究的支持者。可以毫不夸张地说，Isomorphic Labs 是最有前途的公司之一。 Isomorphic Labs 的下一个重大新闻可能是出现在有关新药的新闻稿或会议中。参考文献：https://www.isomorphiclabs.com/articles/the-isomorphic-labs-drug-design-engine-unlocks-a-new-frontier https://storage.googleapis.com/isomorphiclabs-website-public-artifacts/isodde_technical_report.pdf排版配置：胡伟伟
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